Ketika Kesultanan Gowa mengalami kekalahan dalam perang terhadap Belanda, Syekh Yusuf berpindah ke Banten dan diangkat menjadi mufti di sana. Pada tempoh ini Kesultanan Banten menjadi pusat pendidikan agama Islam, dan Syekh Yusuf memiliki murid dari pelbagai daerah, termasuk 400 orang asal Makassar yang dipimpin oleh Ali Karaeng Bisai.

Ketika pasukan Sultan Ageng dikalahkan Belanda tahun 1682, Syekh Yusuf ditangkap dan diasingkan ke Sri Langka pada bulan September 1684.

Di Sri Langka, Syekh Yusuf tetap aktif menyebarkan agama Islam, sehingga memiliki ratusan murid, yang umumnya berasal dari India Selatan. Salah satu ulama besar India, Syekh Ibrahim ibn Mi'an, termasuk mereka yang berguru pada Syekh Yusuf.

Melalui jemaah haji yang singgah ke Sri Langka, Syekh Yusuf masih dapat berkomunikasi dengan para pengikutnya di Nusantara, sehingga akhirnya oleh Belanda, ia diasingkan ke lokasi lain yang lebih jauh, iaitu Afrika Selatan, pada bulan Julai 1693.

Di Afrika Selatan, Syekh Yusuf tetap berdakwah, dan memiliki banyak pengikut. Ketika ia meninggal dunia pada tanggal 23 Mei 1699, pengikutnya menjadikan hari wafatnya sebagai hari peringatan. Bahkan, Nelson Mandela, bekas presiden Afrika Selatan, menyebutnya sebagai 'Salah Seorang Putra Afrika Terbaik'.